1950年6月，国立药专改名为华东药学专科学校，本厂更名为华东药科专科学校实验药厂，隶属于华东军政委员会卫生部。下半年，本厂招收临时工20多人，扩大生产，产品有氯化铵、硫酸钠、药用氯化钠、氢氧化铝等，年总产值达20吨。
1952年9月，本厂随校更名为华东药学院实验药厂
1957年7月，本厂随校更名为南京药学院实验药厂
1959年，本厂在国内首创四氯乙烯胶丸和一氧化碳检定管
1963起，实行独立核算、自负盈亏，成为实行企业管理的校办工厂。
1965年，承担由卫生部下达的援助坦桑尼亚建设制药车间的项目，制作安瓿洗涤机、甩水机等设备。
1977年，工业总产值超240万元